必修課程分層次教學
南京師大附中經過十多年必修課程分層次教學實踐，實現了結合學生個性特徵的因材施教。培養的學生素質全面，能力突出，畢業學生受到國內外高校的一致肯定。江寧分校在小班化教育的基礎上實施的分層次教學進一步促進每一個學生在原有基礎上得到最佳發展。
選修課程
依托本部二十多年開設選修課程的實踐經驗和120多門選修課程的教育資源，充分利用鄰近高校的豐富的教育資源，開設豐富多彩的選修課程，全面提高學生的科學精神和人文素養。選修課分三類：
(1) 提高類
學科競賽、高層次專家講座、理化生實驗操作、英語類強化、數理化思維方法、用計算機和幾何畫板學習數理化等數十門課程。
(2) 拓展類
本學期開設的部分課程: 宋詞鑒賞; 英語視聽說; 希臘古典神話; 走近名人;
唐代詩人與唐詩; 日語與日本文化; 明清短篇小說選講; 時事熱點與探索;
《紅樓夢》人物選講; 政治雙語教學; 幾何畫板; 宗教神話與歷史; 趣味數學; 歷史風雲解讀; 競賽計算計; 軍事地理; 走遍美國; 無線電技術; 科技英語; 航海模型; 英語閱讀; 車輛模型。
(3) 輔導類
學校為了保證學生有扎實的基礎知識，在開設提高類和拓展類選修課的同時，還開設了各學科的輔導課程，讓學生根據自己的學習狀況自由選擇。學校利用寄宿制學校的優勢，晚自習時間為有輔導需要的學生進行個別化的輔導，確保每一位學生在原有基礎上得到提高，確保每一位學生隨時性的學科輔導答疑。
輔導類包括：學科輔導、生活指導、心理疏導等。
體育與健康課程
南京師大附中各年級每周開設4節體育課的歷史已近二十年，為學生健康成長和終身發展打下了扎實的基礎。江寧分校將利用寄宿制管理的優勢、一流的體育場館設施，在每周開設4節體育課的基礎上，開展體育俱樂部活動，讓學生根據自己的興趣愛好，自由選擇，提高學生專項運動水平，強化身體素質。
